生吃需要去除，烤熟吃可以不去除。牡蛎的内脏，主要是牡蛎中有一团黑绿色内脏和肠腺，里面有一些生蚝吃的海藻、泥沙等残留，是可以食用也可以不食用的部分。但是生吃建议去除，以免引起身体不适。而在烤制牡蛎的时候，可以去除内脏也可以不去除，只要烤熟都能吃的。
牡蛎具有较好的使用价值，其肉与壳还具有较好的药用价值，通常有平肝潜阳、补肾壮阳、软坚散结等功效。需要注意的是，对牡蛎过敏的食用者不要吃，以免导致过敏。同时吃牡蛎前应把牡蛎清洗干净，同时也不要吃得过多，避免出现消化不良的情况。
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